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2008年10月21日 (火)

コピペの練習

本日2限は生命情報特論。WebTCという教材提示システムからこの日に使うデータをダウンロードし、バイオインフォマティクス関連のサイトでそのデータを解析するのがこの授業。

解析するといっても、そのままデータを流し込むだけだから、いってみればコピペの練習である。

ところが、今日アクセスしたGeneWebIIIというJavaアプレットがコピペを受け付けない。一部の人の端末だけ受け付けない。ジャバの問題かFEPの問題か。解析できる人はできるが、コピペできない人はそれ以上先へ進めない。

なんてこった。自分は、コピペできないグループだった。仕方がないから、うまくコピペできた人から解析結果をメールで送ってもらう。それをコピペして担当教員のメールアドレスに送る。

メールへのコピペはうまくいった。

この一問目は系統樹を作成して遺伝子の類縁を探す練習。

二問目はアミノ酸配列から二次構造を予測する練習。

こちらのサイトを使った。

結果ではへリックスを作っているらしいアミノ酸とシートを形成しているらしいアミノ酸が出力される。授業で与えられた配列はすでにX線で構造が解かれているタンパクなので、実際の予想と構造が一致しているかどうかの比較も行った。

予想
--EE---------EHHHHH
結果
--EEE------HHHHEE--

全アミノ酸残基数と予想が正しかった残基数を考察に書くのだが、ここでひと悶着。結果の”-”が同じところも、予想が正しかったと考えるのか?理解していなかった人が多数の模様。自分もそのうちの一人だが(ぎゃふん)。

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