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2008年12月 7日 (日)

どうも勉強する気が起きない

明日の二限は生物科学IIの中間試験なのだが、どうも勉強のモティベーションが上がらない。先週もコメントしたが、何でも持ち込み有りの試験であることが原因か。The Cellとエッセンシャルを持ち込んだら、その場で何とかなるだろうしなぁ。授業配布のレジュメもあるから、その内容さえ理解していれば○○○で何とかなるだろう。

さらに、PC持ち込んだら完璧である。試験室は無線LANにも接続できそうだから、解らないことがあればYahooで検索すればいいだろうし。

担当の先生、今年がこの科目初めてのご担当。よって、過去問もなし。一問だけ授業中に問題らしきことをちらっとおっしゃっていた。

オワンクラゲからGFPの遺伝子配列を決定するにはどうしたらよいか

2008年のノーベル賞がGFPであったから、タイムリーな問題ではある。タンパクさへゲットできれば、アミノ酸配列の一部を決定して、相補的DNA鎖を合成し、DNAライブラリーから釣ってきて、PCRで増幅しあとは煮たり焼いたり好きにできる。

しかしだ、この問題のキモはクラゲからこれら一連のプロトコルにアプライできるだけのタンパクを精製する過程だろう。たしかに、GFPなら蛍光性があるから、顕微鏡で一分子観察も可能である(GFPは見えましたよね、見えたかな、きっと見えたはず、昔見えなくても、今なら見えるはず)。しかし、電気泳動でバンドが見えるまで、アミノ酸配列の一部でも決定できる量になるまで精製してくるのはめちゃくちゃ大変だ。量さえあれば、自身が光るから検出は楽ではあるが。

何しろ、クラゲはその98%が水である。そこから、GFPを取り出すのである。海水中の暗い空間では明るく光っているクラゲでも、周りが暗いからそう見えるだけで、含まれているGFPはめちゃくちゃ少ない。この記事の写真(本当にGFPなのかな、「色が同じだからFITCで良いよね」って、済ませているような気もする)のように光っている液体からGFPを精製するのとは訳が違う。筋肉からアクチンとミオシンを精製してくるのとはわけが違う

何百万回遠心器を回せばよいのだろう。

そういった泥臭い話は講義ではなかった。せいぜいSDS-PAGE以降の話しかなかった。電気泳動以前の過程が実験としては面白いところで、そこをテスト問題にすれば回答者のセンスが良くわかると思われるのだが。

自分ならどうするかって?GFPの抗体を作って回収してくるか。

で、抗体はどうやって作るんだ?

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